El 13 de junio de 1604 se coloca la Primera Piedra del nuevo Colegio de Dominicos de Santo Tomás de Aquino en la calle de los Colegios de Alcalá de Henares.
El Colegio Menor de Dominicos de Santo Tomás de los Ángeles y de Aquino, que había sido fundado en 1529, estaba originalmente en la calle de las Becerras, la actual calle del Empecinado, en el edificio que actualmente alberga el Monasterio de Dominicas de Santa Catalina de Siena.
Pero este lugar estaba muy alejado del mundo estudiantil y, por lo cual, la Orden de Dominicos estudió la posibilidad de trasladarse a un edificio más amplio y, sobre todo, más cercano al Campus Universitario, donde los estudiantes pudieran asistir con más asiduidad a sus clases.
Para ello en 1592 adquirieron algunas casas junto al Colegio Menor de Religiosos Calzados de San Agustín y al Colegio Menor de Santiago de los Caballeros Manriques.
El solar comprendía toda la manzana 16 del Campus Universitario diseñado por el cardenal Cisneros. Pero para construir el nuevo edificio tenían que ampliar el solar algunos pies por el sur y el oeste, por lo tanto, un año después de la compra, en 1593, los frailes expusieron al Ayuntamiento que «teniendo necesidad de labrar su nuevo colegio, hicieran merced de un pedazo de la calle que va a la puerta nueva, al lado de San Agustín y otra callejuela que divide aquellos suelos, que los ha menester todos el colegio, y ansí no servirá de nada, atento que la calle que va a la puerta nueva queda muy ancha y bastante para carros y para todo servicio de la villa, y la otra por haberse de embeber en la casa».
El Concejo, después de estudiar el tema, les concedió lo que pedían ya que el callejón que querían incorporar en su propiedad no era de mucha utilidad y con los pies que tomaban de la calle que conducía a la Puerta Nueva, actualmente calle de Santo Tomás, se regularizaba su primitivo trazado.
Tuvieron que pasar diez años hasta que en diciembre de 1603 el provincial fray Pedro de Contreras, después de reunirse en consejo con los Padres Maestros, determinó trasladar el Colegio a los terrenos adquiridos tiempo atrás.
Por tanto, tal día como hoy de 1604, se colocó la Primera Piedra del nuevo Colegio Menor de Dominicos.
La ceremonia la ofició el abad de la iglesia Magistral don Juan Bautista Neroni, asistiendo al acto la Universidad y todas las otras instituciones religiosas.
Tras la Desamortización, el edificio fue cárcel y taller penitenciario de hombres. Actualmente es parte del Parador Nacional de Turismo.
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