El 23 de julio de 1936 las arcas con las reliquias de los Santos Niños y del cuerpo incorrupto de San Diego de Alcalá son trasladadas al Ayuntamiento al ser incendiada la iglesia Magistral.
La jornada del 21 de julio de 1936 fue especialmente trágica para la historia de la iglesia Magistral de Alcalá de Henares, ya que esa tarde fue saqueada e incendiada. A consecuencia del calor del incendio se derrumbaros las bóvedas de la nave central y de la del lado de la Epístola, es decir, según se entra al templo, la nave del lado derecho.
En este saqueo, incendio y derrumbe de las bóvedas se destruyó el templo y sus tesoros artísticos. Por suerte la cripta donde estaban las reliquias de los Santos Niños y el cuerpo incorrupto de San Diego no sufrió ningún daño.
Por eso tal día como hoy de 1936, dos días después del incendio, el alcalde de Alcalá don Pedro Blas Fernández ordenó que se realizara una investigación en la cripta y mandó al segundo teniente de alcalde don Simón García de Pedro que trasladaran las dos arcas a la Casa Ayuntamiento, quedando bajo la custodia del conserje Benito Andrés, que las colocó en el Salón grande del piso bajo.
Al haber circulado el rumor de que había sido robado el cuerpo incorrupto de san Diego, el alcalde mandó abrir el arca para comprobar si era cierto o no. Para ello llamaron al cerrajero Martín Vallejo García. Éste quitó los pasadores de lo goznes y levantó la tapa de hierro, rompiendo los sellos. Él mismo desdobló los paños que envolvían el cuerpo del santo dejado al descubierto la carne incorrupta. En ese momento se percibió un suavísimo olor a rosas, y al instante, de manera automática, tocó el cuerpo incorrupto y se santiguó. El Alcalde no quiso ni mirar la reliquia. Según contó años más tarde el cerrajero, el Alcalde dijo:
-Quita, quita. Tapa eso.
Al comprobar que todo estaba en orden, el mismo cerrajero envolvió el cuerpo de san Diego en sus paños y lo dejó en el arca, sin poder cerrarla.
Luego Martín Vallejo dijo a los que estaban presentes en ese momento que, según había oído a su padre, era tradición entre los alcalaínos que San Diego había prometido que mientras estuviese su cuerpo en Alcalá, esta ciudad jamás se inundaría. Entonces el Alcalde decidió que se llevaran las dos arcas al cementerio de la ciudad.
Al cabo de unos veinte días, las arcas fueron trasladadas a la capilla del cementerio de la ciudad, dando la orden al conserje de dicho cementerio Anastasio Castillo Pedroviejo que no permitiese a nadie ver las reliquias sin una autorización por escrito y sellada por el Ayuntamiento.
Estuvieron escondidas hasta el 2 de abril de 1939 que se entregaron las llaves de la capilla al Arcipreste de la ciudad, don José Utrera.
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Efemérides Complutenses 